科学技術が高度に発達した「帝国」と、星霊術を駆使する"魔女"の国「ネビュリス皇庁」。
長きにわたり戦争を続けてきた二国の狭間で、
帝国剣士イスカと皇庁の第二王女アリスリーゼは、
幾度もの衝突を経るなかで、互いの信念と理想に惹かれ合ってきた。
皇庁を揺るがした政変の末、帝国へと連れ去られた第三王女シスベル。
彼女を取り戻すため、イスカたちN07部隊はアリスの側近・燐とともに帝国領へ帰還する。
そこで彼らが目にしたのは、未知なる“真の魔女”を生み出す研究だった。
一方、皇庁に残ったアリスは女王代理としてゾア家、ヒュドラ家を監視していた。
しかし、王宮の地下に眠る始祖ネビュリスの覚醒により、
アリスも新たな戦いの舞台へ身を投じていく。
それぞれの思惑のなかで浮かび上がる、帝国と皇庁に刻まれた知られざる過去。
そして、帝国皇庁双方の破滅を願う第三王女イリーティアが動き出し……!?
100年前の秘められた歴史と邂逅することで、
イスカとアリスは、真の宿命と対峙する――。