いつものようにアンパンマンにやっつけられたばいきんまんは「バイバイキ~ン」と空を飛び、森の中でズタボロになっていました。そんなばいきんまんの目の前に突然巨大なUFOが現われます。中から現われたのはなんとばいきんまんとそっくりのアカキンマンとアオキンマン。二人はアンパンマンにやられてばかりいるばいきんまんの手助けをするために遠いばいきん星からはるばるやってきたのでした。ばいきんトリオを組んだ三人アンパンマンにさっそく攻撃をしかけます。逃げても逃げても追いかけてくるばいきんトリオ。さすがのアンパンマンもばいきんトリオの3ばいパンチをあびて、遠くとばされてしまいます。長年の夢がかなったばいきんまんはのたうちまわって大喜び!調子に乗ったばいきんトリオはしょくぱんまんとカレーパンマン、そしてパン工場までも片づけてしまおうとたくらむのですが…。