朝焼けの海に浮かぶ、爆弾を積んだ謎の不審船。その船がすべての始まりだった―。京都舞鶴港沖。海上自衛隊によって、貴重なイージス艦の体験航海が開催されていた。電子武装されたハイテク艦で繰り広げられる大迫力のクルーズを楽しむコナンや蘭、小五郎、そして少年探偵団たち。しかし突如、轟音が響き、艦内に不穏な空気が流れる。 やがて間もなく、左腕のない遺体が発見される!しかも、なんと自衛隊員の遺体だというのだ!そこには、いくつかの不審な点が残されていた・・・。 捜査に乗り出したコナンは、艦内に某国のスパイ“X”が乗り込んでいることを知る。果たして、スパイ“X”とは何者なのか?不審船との関係は? やがてコナンたちにも忍びよるスパイの影・・・。この航海には想像をはるかに超えた、日本全土を揺るがす巨大な陰謀が隠されていた!