親から離れ、西野家に下宿する少年タケルは、高校に通いながら西野家のバイク便を手伝い暮らしていた。
ある日の配達の帰り、タケルはバイクに便乗していた親友のリョウとともに不可思議な光を目撃した。双筋に分かれた光跡を追って林に入ると、1本の樹に宿った光の中から、ひとりの女の子が姿を現した。彼女はタケルが考える「理想の女の子」に瓜二つだったのだ。タケルは常識から考えられない現象に戸惑いながらも、人間としての記憶を持たないらしいその少女にヒカリと名づける。
だがその直後、節足動物にも似た巨大な怪物が現れ、彼らに襲いかかる。リョウは果敢にもバイクで反撃を試みるが、怪物を倒すには至らない。ヒカリとタケルが窮地に追い込まれたそのとき、タケルの身体にも尋常ではない変化が現れた。
しかしこれらの異変は、これから始まる「世界の終わり」の序章に過ぎなかった。