ハワイのカウアイ島に住むリロは、親のいない5歳の女の子。姉のナニと二人暮らしの彼女は、友達もなく孤独な日々を送っていました。ある日、リロは不思議な生き物と出会い、スティッチと名づけて家族にします。しかし、スティッチは手のつけられない暴れん坊でリロとナニを困らせてばかり。実は、スティッチは宇宙からの逃亡者で、遺伝子実験で“創られた”エイリアンだったのです。リロの寄せる愛情が理解できず、行く先々でトラブルを巻き起こすスティッチ。それでもリロはスティッチを見捨てませんでした。「スティッチは家族(オハナ)。家族ならいつまでも一緒だよ」。リロの言葉は愛を知らないはずのスティッチの心を少しずつ開いていきます。しかし、二人の間にかけがえのない絆が生まれたそのとき、運命は彼らを永遠に引き裂こうとするのです…。