ガンダムビルドファイターズ GMの逆襲

第7回ガンプラバトル選手権世界大会と、そのタイミングで起きたアリスタ暴走事件の終結を経て、ガンプラバトル事業はPPSE（プラフスキー・パーティクル・システム・エンジニア）社からヤジマ商事へと受け継がれる。ヤジマ商事は、ガンプラバトル用の新たな会場「ヤジマスタジアム」を建設し、その竣工披露式典に、イオリ・セイ、メイジン・カワグチ、ヤサカ・マオ、リカルド・フェリーニたちを招待した。
「ヤジマスタジアム」には、ニルス・ニールセンが開発した最新大型バトルシステムが導入されており、セイはエキシビジョン・バトルに臨もうとする。だが、セイは持参したはずのビルドストライクコスモスを紛失。さらにスタジアムのセキュリティーシステムが何者かに乗っ取られ、セイたちは閉じ込められてしまう。
そんな彼らの前に、セイの父イオリ・タケシが追っているガンプラマフィアが現れ、ガンプラバトルを挑んでくるのだった――。