ナナリーにギアスをかけるのか、そこで思いとどまっているルルーシュ。ナナリーの思いまで捻じ曲げたら…。スザクとカレンの対決、アーニャとジェレミアの対決も開始。最終決戦だ。
ルルーシュとナナリーの会話も。藤堂もシンクーもヴィレッタもコーネリアも扇もロイドもニーナもラクシャータも玉城もみんなの持つ信念と心意気が会話につながっていた。ナナリーはダモクレスは憎しみの象徴になるという言葉を聞き、ルルーシュもその覚悟を感じ取ったのかギアスを発動しダモクレスのカギを奪い取った。ジェレミアはアーニャを倒したがアーニャの記憶がない言葉を聞き…、カレンとスザクの戦いほとんど相打ちでカレンの勝利。スザクはルルーシュのギアスの効力を持ってしても負けたのか。ルルーシュはナナリーの悪魔でいたままその場から去っていった。ダモクレスの鍵を持ち、世界に対して勝利宣言。
その2か月後、スザクは死んでしまったのだな。これでルルーシュは完全に世界の敵となった。ロイドやセシル、ニーナはルルーシュの言う通り裏切ったのだがここまでするのか…。抵抗勢力の処刑を前に現れたのはゼロ！？ジェレミアも見逃しているところを見ると何か思惑があるのか？ルルーシュはスザクに対して自分を殺してほしいと言っていた。まずスザクは生きていた、そして彼をゼロにしてルルーシュを殺させることによって憎しみの連鎖を断ち切るつもりだったのだ。
それがゼロレクイエム。世界の敵になったルルーシュを殺害することによって、ゼロを神格化している黒の騎士団やギアスにかけられたシュナイゼルはゼロについていくだろう。カレンの反応的に気づいていたのかも？人々の願いというギアスにかかるといったルルーシュ撃っていいのは撃たれる覚悟のある奴だけだ…という名言の通り彼は撃たれる覚悟があって人々にギアスを撃っていたのだ。スザクはもうゼロとして生きる、正義の味方として生きるしかない。枢木スザクとして生きていけないそのギアスを彼は背負っていく。ナナリーはルルーシュの真意を理解し、彼の死に涙を流した。世界の敵となり、世界を壊し、そして見事彼は自らの死をもって世界を作り変えた。カレンの言う通り世界は少しマシになった。憎しみや悪事はルルーシュに押し付けられ、飢餓や貧困に目を向ける世界となった。カレンお母さんと一緒に住んでるのいいなあ。扇首相になってて草。アーニャとジェレミアなんか仲良く農業やってるのほほえましいな。過去にとらわれずみな活きていけるような世界になったのだ。C.C.はどこに向かおうとするのだろう、ギアスの力は孤独にする…そう呟きながらもルルーシュに向かって少し違うかとほほ笑んだC.C.。ルルーシュは確かに世界の敵になったが孤独で終わったことはなかった。黒の騎士団の一部、カレン、ナナリー、ジェレミア…ルルーシュを知っている人たちはきっと彼が行ったゼロレクイエムを自分なりに理解し彼を想う時間もできているはずだ。
最後にかけたギアスはナナリーに、最後にギアスを受け取ったのはスザク。結局この物語は妹と親友の物語だったのだ。見どころとしてはナナリーの思いとその覚悟を理解して彼女にギアスをかけた兄・ルルーシュ。そしてそれに一瞬でも抗ったナナリー。様々なキャラクターが思いを吐露する場面、スザクとカレンの対戦、ジェレミアがアーニャのギアスに気付きキャンセラーを使ったこと、戦争が終わり世界に勝利宣言をするルルーシュ。人々の願いというギアスにかかる死ぬ覚悟を決め、親友スザクに正義の味方・ゼロとして生きるギアスをかけ、それを受け取ったスザク。その後、ルルーシュの真意を読み取り、彼の今までやってきたことを理解し、ルルーシュに愛していると告げ、泣きじゃくる妹。お兄様だけで良かったのにと泣いたその演技は声優・名塚佳織が本当に泣いてしまいその演技に周りがもらい泣きする程。
ルルーシュが死んだあとのカレンや扇、生徒会面々、黒の騎士団などが平和に生きている様子。ジェレミア（オレンジ）がオレンジ畑をアーニャと共に経営していること、最後に空にいるルルーシュに向かってギアスを使うものは孤独となると思っていたが少し違うかもなと語りかけまたどこかに向かうC.C.。見どころ満載の最終回だった。最高のアニメの一つとして永遠に語り継がれてほしい。
