映画で総士が還ってきてから約2年後、新たな希望（エスペラント）であるエミリーを乗せた人類軍を招いたことから始まる、2度目の戦い。
（自分も2期で脱落してしまったので2度目の戦いだw）
話の展開は割りかしシンプルで、「飛来する新ミールであるアルタイルを味方につけるため奔走する」のが掲げる目標で、竜宮島＆人類軍（共存派）vs フェストゥム（デカい奴ら6体）vs 人類軍（殲滅派）という構造だね。
人類軍が島に上陸→ミールに美羽を会わせたいのでシュリーナガルの基地へ→人とフェストゥムにこの邂逅を誰かが知らせた為開戦→また木のミールを芽吹かせるため、全員で安全な場所へ行進（情報を奪わせないため殆どが行き先を知らない） って感じかな。
話の大まかな展開は1期と比べて格段に分かりやすい。
また、1期を反省してのことか、ファフナーやミールのことなど復習させてくれたことに驚き。
まあ序盤だけなんですけどね。w
結局説明不足感は否めなくて、細かい部分がまあ分からん。
・織姫が良く発言する「祝福」の意味
・デカいフェストゥム達はいつから現れたのか、どこに点在しているのか、何故バレないのか
・ゴルディアス結晶って結局何なのか
あと何が分からなかったのか忘れたけど、まだあったと思う。
さて、肝心の内容だけど、見出した希望が先の見えない絶望に変わっていくのがヒシヒシと伝わってくるよね。
・優秀な後輩が参戦したことで戦いが楽に→敵が強くなりボコボコにされる→エミリーの呼びかけとアルタイルの近接による新たな力でなんとか勝つ→ミールが命"は"守ってくれてるだけで、非搭乗時に副作用が出てどんどんフェストゥム化していく→でも戦わなくてはならないし、卒業した咲倉やカノンまで巻き込んでいく
・アルタイルとの交信で事が丸く収まりそう→敵飛来→ザインとニヒトが殲滅→安全な場所へ何日もかけて行進（その際に被害多数＆どんどん困窮していく）
⇧ザインとニヒトは最強だけど、リミッターが解除されてる＆ジークフリートシステムの搭乗により同化速度が桁違いな為、あまり戦えない→でも戦わなければならない場面が早々来ることが容易く予見される危機的状況
これこそがThe ファフナーって感じがするよね！
作画が映画レベルで凄いし、ファフナーがヌルヌル動いて動作がホントカッコいい。
そして9話はヤバい。
ザインとニヒトがヒーローしてくる展開は鳥肌立ちまくりだった...。
特にニヒト。総士が感情込めるのがたまらん！
機体も厨二満載でカッコよすぎる。ポーズすこ。
そして、その際にも流れたexistが神曲すぎる。
1期のOPより断然好き。サビの高揚感が最高。
edも超キレイだし、説明のされなさだけで損してる作品だよなぁホント。
脱落した理由が分かる1期だった。
2期も挫けずに完走まで見届けるぞ！
普通にどういう展開になるのか気になるし、風呂敷をかなり広げているので、回収し切れるのか見物である。
